Différentes menaces ont été identifiées. Si elles ne sont pas maitrisées, elles peuvent remettre en cause le bon état de conservation des habitats et des espèces d'intérêt communautaires. En voici quelques exemples :
- Incendie de la butte de Tiot au printemps 2009 : destruction d'habitats et d'espèces.
- Pratique du VTT hors des sentiers balisés : érosion des sols, dégradation d'habitat.
- Forte fréquentation non canalisée de certains secteurs : destruction d'habitat lié au (sur)piétinement
- Trop forte pression des herbivores (ici chevreuil) sur la flore : impossibilité de renouveller en continu l'habitat
A l'installation au printemps 2011 et en septembre 2012.
Nous constatons : l'envahissement par la ronce dans l'enclos et à l'extérieur, l'abroutissement total de la végétation. Le renouvellement de l'habitat de manière continue est pour le moment impossible du fait de la trop forte pression exercée par les chevreuils sur la végétation. L'équilibre entre la faune et la flore est ici rompu.
- Débardage à la mauvaise période : perturbation des écoulements d'eau dans les sols, tassement...
- Vandalisme sur des bâtiments abritant des chauves-souris en période d'hibernation : affaiblissement d'espèce avec risque de mortalité
